20 年前
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城中发生少女被吸血惨案，捕快宋逸尘勘查命案现场，发现死者额头上都有一个花印，他推测是妖祟所为。宋逸尘被树精袭击，来人间值守的花仙绛妃救了他，并带他来三重天。宋逸尘发现绛妃姑姑额头有一个与命案现场相同的花印，怀疑姑姑是真凶。猎妖族族长雷宁儿协助宋逸尘调查此案，她的真实身份是树精，她做的这一切是为了找到进三重天的路，找到姑姑报仇雪恨。雷宁儿屡次陷害绛妃，甚至害死爱慕宋逸尘的封妍，并嫁祸绛妃。绛妃对情绝望离开宋逸尘。雷宁儿设计让宋逸尘带领她来到三重天，并血洗花仙阁，与花神同归于尽。绛妃、宋逸尘相继跳下诛仙台，花神用自己的千年灵力救了二人，两人诀别花仙阁。绛妃接管了花神之位，宋逸尘在人间盼白了头。。《剧场版 假面骑士剑 遗失的王牌》是平成假面骑士系列第四部剧场版，也是《假面骑士剑》的剧场版。
4年前，连同小丑——相川始在内的53个不死生物都被封印了，身为假面骑士的剑崎一真、橘朔也、上城睦月三人，也终于可以不用再战斗了。他们和白井虎太郎、广濑栞等人，一起回归普通人的生活，各自寻求自己的新人生。但大家都没想到的是，在一段平静的日子后，不死生物居然又再度出现，并要对栗原天音下手！更让人难以相信的是，剑崎他们见到了以前从未见过的3位新假面骑士。3位新假面骑士告诉剑崎，“你们的时代已经结束了”。新时代已经不再需要剑崎他们的力量了，并且假面骑士剑、假面骑士权杖变身所必须的类别A也被解放，所以他们现在已经不可能再次变身。
为什么时隔4年不死生物又再度出现？当年乌丸所长的电脑密码──DOUBLE JOKER（两个小丑），又是否与此事有关？失去类别A卡牌的他们又要如何作战？。