1 年前
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位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。
高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于隐藏在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“幻想杀手Imagine Breaker”，而被评价为名落孙山的“无能力”，过着充满不幸的人生。
而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始，上条就被卷入了各种各样的事件中。统率学园都市的“科学”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方，在惊险地解决双方事件的过程中，他的人际关系也逐步扩展。之后，魔法一方的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到上条的存在……。
如同呼应魔法方一般，科学方的学园都市也有所动作。但也有与逐渐开始对立的世界动向抗争的人不断出现。那些通过与上条有所关联，而使命运大为改变的“英雄”们。
他们挺身而出与世界对峙。如同上条当麻做过的那样。
科学与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！。南宋末年，赤练仙子李莫愁（孟广美饰）在江南一带找昔日恋人陆展元（胡东饰）寻仇。大侠郭靖（王洛勇饰）与妻子黄蓉（孔琳饰）在帮忙救助陆展元一家时，发现了乞丐少年杨过（叮当饰）是其结拜兄弟杨康之子，于是带他回到桃花岛并送到了全真教学艺。成年后的杨过（黄晓明饰）在全真教中受尽欺辱，幸亏得到了古墓派传人小龙女（刘亦菲饰）的搭救，从此以后杨过便拜在小龙女门下，并与她开展了一段旷世绝恋。与此同时，郭靖的两个女儿郭芙（陈紫函饰）与郭襄（杨幂饰）都阴差阳错的喜欢上了杨过，但却给杨过带来了不同的命运。与此同时蒙古大军对南宋山河虎视眈眈，杨过面对国仇家恨以及儿女情仇，终于从浪荡少年变成了一代神雕大侠，苦等16年后与小龙女也最终修成正果。。
