20 年前
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魔法——這不是傳說或童話的產物，而是發展至今將近一個世紀的現實技術。今年春天，持有施展魔法能力的「魔法師」培育機構「魔法科高中」，某位少女將入學就讀。容貌秀麗、完美無缺的優等生——她的名字叫「司波深雪」。深雪夢想著和一同入學的哥哥——達也過著親密的高中生活，但擋在她面前的是一科生與二科生——優等生與劣等生的高牆……!? 由愛慕哥哥之心更勝親情的妹妹——深雪的視角所鮮活描繪的，另一個「魔法科高中」在此上演。。欢欢（笠原弘子 配音）是出生在仙子之国的小公主，在她满十二周岁那一年，全国上下举办了盛大的宴会为欢欢庆祝生日，而根据仙子之国的规定，欢欢必须离开自己的家乡前往人间修行。修行的内容很简单，就是在人间散播幸福的种子，彩虹谷的鲜花能够计算幸福的计量，当计量到达顶峰时，花朵变回转变成为美丽的彩虹色，欢欢才算通过了试炼。
就这样，欢欢来到了人间，结识了温柔善良贤惠文静的小玉（玉川纱己子 配音）、拥有恐高症但是在危急时刻总能够做出正确的选择的小左（佐佐木望 配音）等人，他们和哈普姑妈（丸山裕子 配音）一起经营着幸福商店。。兄弟天文学家发现火星人威胁要攻击地球，但没有人相信他们-直到火星人登陆并几乎摧毁整个纽约市。在不久之后的，地球上的火星类人外星人入侵其他的城市，外星人们经过调查和了解地球的文明决心以任何可能的方式消灭世界上的所有人口，从而让自己的物种可以在地球上顺利的繁衍。外星暴力和残酷的战争在地球上升级，外星人毁灭了很多城市和它的居民。最后，外星入侵者的弱点暴露被兄弟天文学家索发现出来，两人为了这项发现也付出了巨大的牺牲，为叛军起义铺平了道路。。