23 年前
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麻省理工学院的数学教授蓝波在其系公告栏上公布了一道困难的数学题，却被年轻的清洁工威尔解了出来。可是威尔却是个问题少年，成天和好朋友查克等人四处闲逛，打架滋事。当蓝波找到这个天才的时候，他正因为打架袭警被法庭宣判送进看守所。蓝波向法官求情保释，才使他免于牢狱之灾。
蓝波为了让威尔找到自己的人生目标，不浪费他的数学天赋，请了很多心理学专家为威尔做辅导，但是威尔十分抗拒，专家们都束手无策。无计可施之下，蓝波求助于他大学的好友，心理学教授尚恩，希望能够帮助威尔打开心扉。
经过蓝波和尚恩的不懈努力，威尔渐渐打开心扉，而好友查克的一席话，更是让他豁然开朗。。理工科大学和艺术学院分立在马路的两边，它们一边是美女如云才子汇聚的天堂，一边是充满了工科男和书呆子的地狱。就读于艺术系的沈熹（宋芸桦 饰）一直暗恋着自己的青梅竹马林煜堂（官鸿 饰），无奈林煜堂身为工科男，个性迟钝而又木讷，迟迟无法看穿沈熹的小心思。
某日，沈熹邂逅了理工科大学的转校生何之洲（佟梦实 饰），后者拥有着英俊的外表和高超的智商，是校园里耀眼的存在。在误打误撞之中，沈熹和何之洲之间竟然产生了灵魂互换的怪现象，而进入到了何之洲体内的沈熹却感到万分庆幸，因为她终于可以借此机会接近朝思暮想的林煜堂了。。4年了，距离那场私人武装组织——天人与人类联盟军的决战过去4年了。
天人组织消失了，世界从3个巨大的国家联盟统一为一个联合政府，世界已经统一。但是，这只是表象。表面的政治统一，但军方秘密组织A-LAWS在暗中从事武装镇压，镇压所有反对联合政府的组织与团体。这样的世界，没有改变。人类依然没有从战争、纷争、矛盾之中解脱出来。天人组织再次回归！高达驾驶员刹那•F•清英驾驶新型号的机器人——高达00再次武力介入。这次，天人组织要面对的不仅是A-LAWS的机动战士部队，还有神秘组织变革者——其首领里冯兹正在计划一个更大的阴谋！
《机动战士高达00》系列动画片第2季。。