4 年前
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位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。
高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于隐藏在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“幻想杀手Imagine Breaker”，而被评价为名落孙山的“无能力”，过着充满不幸的人生。
而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始，上条就被卷入了各种各样的事件中。统率学园都市的“科学”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方，在惊险地解决双方事件的过程中，他的人际关系也逐步扩展。之后，魔法一方的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到上条的存在……。
如同呼应魔法方一般，科学方的学园都市也有所动作。但也有与逐渐开始对立的世界动向抗争的人不断出现。那些通过与上条有所关联，而使命运大为改变的“英雄”们。
他们挺身而出与世界对峙。如同上条当麻做过的那样。
科学与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！。身怀神眼透视神医绝技的齐若风入赘楚家，只为达成师傅遗愿，从当牛做马到大展身手，搞定楚家上下，并完成所有重托。。歐雨航自幼被寄養在徐家，與凱晴ˋ智障的凱文一齊長大，情同手足．當他被告知將與出獄的母親美怡團聚時，反而有些依依不捨． 不久徐家遭逢車禍巨變，徐氏夫婦雙亡凱晴失明，雨航遂和凱文的家教心笛共同負起照顧姐弟倆的責任，因而日久生情．同時在特殊教育學校就讀的孟達偉，對凱晴十分愛慕，而心身受創的凱晴偏偏一心認定只做雨航的新娘，故無所不用其極地破壞雨航與心笛的感情．此時雨航意外發現母親與偉達父親的舊情，自己竟是孟家的私生子．心笛在雨航身世不能見容於家人情況下，傷心出國....。
