15 年前
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故事开始于从北京开往福州的列车上，一位神情痛苦的姑娘吸引了旅客杜丘和张同生的注意。他们想要和姑娘攀谈，却发现这个女孩一直在回避两人的问题。无奈之下，他们决定找乘警解决问题。姑娘看到警察感到十分害怕，于是趁着大家打盹的功夫，姑娘在南京站提前下了车。
下车之后，姑娘徘徊在长江大桥上，原来，在曾经的浩劫中，姑娘的母亲丧生，父亲遭到了逮捕。年少无知的她沾染上了很多不良的风气，和流氓小混混厮混在一起。之后，良心发现的女孩决定告别自己混乱的过去，可是她的过去却不愿意放过她。就在女孩想要一死了之的节骨眼上，张同生出现在了她的身后。。谁也不曾想过，七十年前那期神秘的罗斯威尔事件，时至今日仍对全体人类产生着如此巨大的影响。并且鲜少有人窥见真相的全貌，即使它就在那里。某天，过着颓废生活的前联邦探员福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）以及他最为信赖的搭档——正在某某教会医院担任医师的丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）重新聚在一起。原来一档旨在揭露政治黑幕节目的主持人找到他们，希望二人披露政客利用外星人来控制人类的真相。以此为契机，关闭已久的X档案重新开启。一度对各种离奇事件失去信心的穆德，在斯科莉的陪伴下重新踏上征程。
而这一路上，层层隐藏起来的真相以及人类可怕的未来，将相继呈现在他们的眼前……。
