13 年前
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来自南非的雅各比·金（查德维克·博斯曼饰演）是一个神秘人物，接到在洛杉矶的妹妹的不好消息，赶往美国追查妹妹的行踪，却意外在停尸房发现了妹妹的尸体，这之中究竟又隐藏着那些不为人知的秘密呢？。布鲁斯·韦恩失踪了。 夜翼和罗宾替他在哥谭市巡逻的时候，阿尔弗雷德为他打掩护。 一位新成员，蝙蝠女侠，在调查蝙蝠侠的失踪事件。。以成为神奇宝贝大师为目标，小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）和小霞（豊口めぐみ 配音）带着各自的神奇宝贝在世界各地进行艰苦的修业之旅，今天他们历经长途跋涉终于来到了风景秀美的米琪亚镇。在当地一对小兄妹的介绍下，小智一行前往神殿遗址游玩。谁知却遭遇了极其危险的情况。关键时刻，掌管时间的迪亚鲁加和守卫神殿的西娜（北乃きい 配音）、凯宾（岸祐二 配音）帮助了他们，能与神奇宝贝心灵沟通的西娜还熄灭了冥王龙的怒火。从西娜口中得知，创造了世界的神奇宝贝即将苏醒，它不仅会使时空扭曲错乱，还将为世界带来毁灭性的灾难……
本片为神奇宝贝系列第十二部电影剧场版。。