21 年前
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历经艰辛刚摆脱非洲土人的追杀，飞鹰Jackie就接到伯爵的急电，要其迅速赶到西班牙。二战末期，知道自己来日不多的德国纳粹把在欧洲抢掠所得的数万吨黄金隐藏在了非洲撒哈拉大沙漠一个秘密基地，伯爵急电Jackie，正是要其配合冷艳的考古专家Ada再赴非洲寻找这批黄金，途中，藏金副官的外孙女Elsa加入寻宝队伍。
费尽艰辛终抵大沙漠后，Jackie一行人于一次意外无意发现了藏金基地，而就在他们欣喜若狂之际，一个神秘大汉突然出现，一场生死博斗遂即展开。。具有强大力量的电子生命体——像素霸主诞生了！他麾下的干部“天线博士”率先来到现实世界，召唤出不同的像素怪人，通过城市破坏来搜集经验值，让像素霸主能够降临世间，统治世界！
为了守护地球安全，迷你特工队使用全新装备“超次元召唤器”来对抗像素霸主！被称作“天才玩家”的人类男孩小凯，意外激活了超次元召唤器的真正力量！并且，凭借自身的强大能量和玩家经验，小凯能够为迷你特工队充能、提升战斗力，破解像素怪人作乱的招式，双方逐渐成为默契十足的搭档！
迷你特工队和小凯在嘻闹玩乐的日常生活、并肩作战的战场经历中，一步步成长为更加优秀的战士，也收获了更加深厚的友谊。他们共同努力着，终于粉碎了像素霸主征服世界的阴谋！。