20 年前
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高中女孩吉冈双叶（本田翼 饰）刻意让自己显得不修边幅，以避免成为其他女生攻击的对象，每天都不得不为此小心应付，殚精竭虑。某天，她意外重逢了曾在初中时代有过交集的男孩田中洸（东出昌大 饰）。当初田中搬家到了长崎，此番重逢后不仅将姓改成了马渕，性格似乎也发生巨大的变化。以班级活动为契机，双叶、马渕、马渕的好友小凑亚耶（吉泽亮 饰）、特立独行的高冷女村尾修子（新川优爱 饰）以及因过于可爱而遭到孤立的槙田悠里（藤本泉 饰）聚到了一起。原本他们的情感便彼此交错，而隔壁班的天才帅哥菊池冬马（千叶雄大 饰）、教师田中阳一（小柳友 饰）以及马渕在长崎的旧友成海唯（高畑充希 饰）又让男孩女孩们的关系更为复杂，于是平添了无数的烦恼……
本片根据漫画家咲坂伊绪的同名原作改编。。这是一段攻壳机动队成立前夕鲜为人知而又影响深远的故事。2027年6月6日的一天，隶属陆军机密部队501机关的真室中佐（宫内敦士 配音）在闹市街头被人杀害，此前他曾陷入军火买卖的贿赂丑闻不得脱身，他对死亡背后自然隐藏着无数谜团。阴雨之夜，试图取回真室电子脑的公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）与生化人草薙素子（坂本真绫 配音）在真室中佐的墓地首次相遇。此时草薙还只是501机关负责网络犯罪追查的军人，此行她希望找到倍为尊重的中佐蒙冤以及遇害背后的真相。谁知，棺木中的中佐早已不见了踪影。在此之后，她受到荒卷委托展开调查，并在一连串凶险追查的过程中与前特种部队成员巴特（松田健一郎 配音）和时为新滨县刑警的陀古萨（新垣樽助 配音）邂逅。扑朔迷离的案情，草薙一行被引向未知的彼方……
本片根据士郎正宗的原作改编。。
