11 年前
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一个由挑剔组长尚桀、专注专业的女法医夏萤、万金油痕迹鉴定员李学凯，天然呆信息分析员宋咪，以及富二代心理侧写师英鸣组成的非常规特案组，集齐了局里各种“不靠谱”的人，通过通力合作，他们相继破获了各种离奇的凶杀案，一出手就抓住了逃窜了三四个城市，以制造意外为杀人手段，穷凶极恶的连环杀手，一战成名，特案组之后又接连破获了南山公园的碎尸案，离奇的灭门惨案以及抓获反侦查意识极强的兄弟杀手。。小智（松本梨香 配音）一行人继续着磨练技艺的旅途，他们来到了欧鲁德朗城，这里正在举行为了纪念百年前阻止了战争的勇者亚朗而设置的对战祭典。小智带着皮卡丘（大谷育江 配音）勇敢参战，并且最终凭借着强大的实力夺得了头筹，获得了珍贵的宝物“勇者之杖”。
然而，让小智没有想到的是，传说中的神奇宝贝路卡利欧竟然从杖中献身，它的重现江湖揭开了一个隐藏了百年的秘密。与此同时，神秘莫测的神奇宝贝梦幻献身会场，掳走了皮卡丘和喵喵。为了找回皮卡丘，小智和贝路卡利欧踏上了旅途，他们的终点是世界初始之树，在那里隐藏着一切问题的答案。。