20 年前
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随着和平的到来而走向近代化的木叶隐村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变着。
动漫主要讲述了《火影忍者》主角漩涡鸣人的儿子，漩涡博人的故事。忍者因为和平时代的到来，不再如往日重要。忍者学校也开始设立普通班。在这样一个和平的时代，博人选择了尾随自己父亲的脚印，成为忍者。
故事以这样的背景展开，但逐渐，一切又不和平了起来。博人能否应对呢？他会成为新时代的英雄吗？。游城十代在前往决斗学院实技测验的途中，偶遇了传说中的决斗者武藤游戏，并从他手中获得一张幸运卡“天使小精灵”。与此同时，一个名为七星的神秘团体出现了，它的目的是夺取被封印在决斗学院地底遗迹中拥有毁灭世界力量的三幻魔。
游城十代及大德寺老师等人被选为遗迹的守护者，与七星展开了黑暗决斗。后来众人意外发现大德寺老师也是七星的成员之一，十代打败大德寺老师，彻底挫败了七星的阴谋，并得到贤者之石的卡片。
三幻魔事件结束后，原来的伙伴们相继离开决斗学院，一众新生入学。游城十代受到“光之波动”的影响，无法进行卡牌决斗。之后，游城十代遇到了来自新空间的使者，找回了对决斗的热忱与兴致。
不久后，前往童实野町毕业旅行的十代一行人，被强迫接受斋王美寿知的考验，并得知了“光之波动”的真相。回到决斗学院后，鲛岛校长宣布新世代大赛开幕。这场原本只是让学生和职业决斗者交流，进而提升决斗能力的活动，却意外成了关系到地球存亡的事件。在最后的对决中，十代向斋王挑战，成功打败被“破灭之光”操控的斋王，拯救了世界。。1863年，一群在冰雪中跋涉的旅行者召唤魔鬼，魔鬼给他们提供了一只飞行独木舟，让他们回家。当其中一人发现他的妻子死在劳动中，他与魔鬼又制定了一个条约来拯救他的妻子和他们刚出生的女儿莉莎。之后他通过牺牲自己来欺骗魔鬼。25年后，莉莎想嫁给她心爱的Jos，Jos去一个偏远的伐木场挣钱来挽救他的农场，而魔鬼决心毁了她的幸福。。