6 年前
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第二集中，尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下， 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。
此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双方谈判并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，以换取锡安的和平。
在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。。自20世纪70年代开始，美国政府实施了名为SETI的计划，30年来不间断的用射电望远镜扫描宇宙空间，旨在寻找外星生物和相关文明。在犹他州的德威市，有一所隶属政府的实验室，这里正在进行一项秘密试验。在此之前，人类曾受到外星文明发回的信息，其中包括外星生物的DNA组成和生命重组的方法。犹他州实验室的科学家们利用外星人提供的资料培养出拥有外星人DNA的新人类“塞尔”。出于某种原因，政府决定中止这项实验，但其中一个塞尔却逃出实验室。她将给人类带来怎样的影响？
本片荣获1996年MTV电影奖最佳银幕之吻奖、1995年科环宇宙杂志最佳化妆奖、1995年Sitges-Catalonian国际电影节最佳特效奖。。