7 年前
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英国皇室的珠宝被盗，引起了社会高度紧张。情报局随即派出了最顶尖的特工——“天字第一号”去追查珠宝案，然而，案件未查出半点头绪，“天字第一号”就被人谋杀了。在“天字第一号”的葬礼上，英国情报局的顶级特工遭到了炸弹袭击，全部牺牲了。
不久，情报局收到消息，这伙坏蛋准备打英国皇冠的主意。但是情报局的顶级特工都牺牲了，无奈之下，只好派出菜鸟特工——强尼·英格力，绰号“特务憨J”。
强尼智勇皆无，不过他有先进武器、“八卦”的本领，强尼最后能否捍卫英国皇室的尊严？。《神奇宝贝超世代》是系列动画《神奇宝贝》第二部。其蓝本是第四世代游戏（口袋妖怪宝石版）在此系列中，无印篇的女同伴小霞不再跟着小智，而橙华市的新手训练家小遥加入队伍。小遥本来只打算旅行，但得知神奇宝贝华丽大赛后，就决定成为协调训练家。小遥的弟弟，小胜也跟着他们旅行，还带着神奇宝贝领航员。不过，因为小胜年龄不足，所以没有神奇宝贝。小智的伙伴，小刚也在此系列的开端回来。。
