10 年前
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农民出身的志愿军空军飞行员张虎，开始不愿当僚机。他第一次参加空战时，怀着个人复仇的思想，不顾大队长的命令，单机出击，结果叫敌机咬住了，为了救援他，大队长的长机也负了伤。经过领导同志们的帮助，他克服了个人复仇思想。在又一次空战中，他掩护长机打落了敌机。在自己的飞机负伤的情况下，他发现一架敌机企图炸大桥，便毅然地驾驶着负伤的飞机击落敌机，立下了战功，荣获朝鲜民主主义人民共和国一级战士荣誉勋章，并被提升为长机。最后，他与五年前分别的爱人--志愿军某医院护市长杨华重逢。。故事发生在第一部的四年之后，此时特警K已经退休，成为一名普通的邮局局长，而J则继续从事MIB的工作。
卡洛瑟星邪恶女王蛇莲娜来到地球需找宇宙能量“萨塔之星”，占领了MIB的总部。而当年逃亡到地球的萨塔公主萝娜曾请求MIB把“萨塔之星”藏在地球，全面负责这件事情的K为了地球的安全，拒绝了她。
面对来势汹汹的蛇莲娜，MIB派J去寻找k，调查当年事件的真相，怎样说服失去记忆的K相信外星人的存在，成了J面临的第一个难题……。