25 年前
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为蔚蓝大海所环绕的斯里兰卡，此前被恐怖袭击的阴影所笼罩。一如既往喧嚣繁华的闹市街头，面色阴郁狰狞的秃头男子文森·迪亚斯（本·金斯利 Ben Kingsley 饰）穿梭于熙熙攘攘的人群中。他最终来到一幢废弃的建筑，登上顶层后有条不紊地布置手头的工作。在与妻子通话后，他拨通另一通电话。电话的另一头是警察快速反应中心的副总监莫里斯•达席尔瓦，文森声称已在首都科伦坡安放了5枚炸弹，解除炸弹的条件只有一个，那就是释放四个在押的恐怖分子。副总监情知事态严重，但政府高官皆在国外参加重要会议，无暇他顾。万般无奈之下，副总监只得担任总指挥，吩咐手下追踪炸弹来源和文森的踪迹。 时间一分一秒地流逝，数以万计平民百姓的安危悬于一线……。在未知生命体全部被消灭后的两年，人类迎来了短暂的和平。但海滩上突然出现的神秘欧帕兹，打破了这一和平。城市中再度出现了人类离奇死亡的案件，这次残杀人们的凶手是新的敌人——不明物体。它们拥有着人类无法匹敌的神秘力量，就连专门为之成立的G3小队也对它们毫无办法。
失去记忆的开朗少年津上翔一，暂住在美杉教授家中，与美杉教授的侄女风谷真鱼、儿子美杉太一一起生活。但隐藏在翔一天真笑容背后的，其实是神秘的英雄——假面骑士亚极陀。每当不明物体出现残杀人类时，他便会受到感应前去消灭它们。
愈发强大的不明物体、津上翔一过去的记忆以及从欧帕兹中诞生的神秘黑衣少年，它们之间有着什么样的联系呢？一切的真相又是什么？。