16 年前
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故事发生在一群被NIMH（国家智能研究中心）的小老鼠身上，人们利用这些老鼠进行智力开发之类的实验。实验进展得很顺利，老鼠们都有了类似人类的智商，于是他们计划出逃，但是在此过程中一位勇敢的老鼠牺牲了......不过本片的故事讲的并不是这个，而是那位英雄老鼠的妻子如何不畏危险保护自己孩子的故事。 家里的小老鼠生了重病，鼠妈妈想办法医好自己的孩子，在途中偶遇了善良的乌鸦，又差点被坏猫吃了。终于经过一番冒险她成功的将药带回了家，但是她的冒险结束了吗？她的孩子真的得救了吗？。草薙素子之后，巴特与侦探出身的陀古萨结为搭档。近期发生多起机器人偶杀害主人继而自杀的事件，由于受害者家属均无公诉，且死者中有政客与公安官员，于是公安9课派出巴特小组调查此案。杀人人偶皆为荒凉地带公司出品的哈德莉机型，应部分顾客要求，该机型同时具备异性玩伴的功能，巴特从荒凉地带公司出货官遇害入手，卷入与黑帮的战斗，期间有人入侵他的大脑，使其自残。
巴特决定直奔荒凉地带总部，他与陀古萨拜访了择捉岛上的黑客基姆，后者布下系统陷阱，幸有素子提出警告避免陀古萨陷入控制。依靠基姆这条线索，巴特登上了荒凉地带公司设立在海上的工厂船，素子再次降临他的身边，与其并肩作战。。