16 年前
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玉儿2岁时家中巨变，被义父吴啸天收养，教授其医术。义父临死前让玉儿不忘家仇。后玉儿为复仇进入药商杜远山府上做丫鬟。当玉儿达到自己目的时，杜远山告知当年的真相，并且给了玉儿盘缠让其离开杜家。后杜府面临困境，玉儿因怀愧疚愿回杜家帮助渡过难关。杜远山之子杜明海早已对玉儿有情，他信玉儿真心帮助杜府，杜府上下却误会玉儿，杜远山却让她再进杜府。玉儿展示非凡医术和管理能力，成为杜府大管家，杜远山临终前将家业托给玉儿，玉儿也找到了失散的哥哥，即杜府大少爷杜明江，可杜明江却被欲望迷蒙了双眼，走上不归路。抗战爆发后，玉儿坚守杜府药厂，在新四军的帮助下，为抗日力量提供药材，为千万抗日战士制造良药。。这是和原来不同的假面骑士历史。1973年2月10日，和邪恶组织修卡抗争的假面骑士1号和假面骑士2号面前，出现了修卡制造的最强的战士假面骑士3号。1号和2号被3号轻松打倒，修卡成功征服世界。
然后时间来到现代，由于与修卡有关联的人类已经被消灭殆尽，后世的假面骑士们的存在也分裂为正义和邪恶的阵营。正义的一方为守护剩余不多的人类而战；邪恶的则作为修卡的手下并为了消灭阻碍者而行动着。一天，修卡手下的假面骑士Drive/泊进之介遇上了假面骑士3号变身者黑井响一郎，不知怎的事情就演变成了和他一起和修卡对战。另一方面，正义的假面骑士们为打倒修卡而所必要的行动开始了。。