10 年前
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主人公A，热爱音乐从工厂辞职，学习创作，他目前已有一百多首原创歌曲，他曾在北京地道卖唱，后因食不裹腹回到家乡徐州，靠路边演出谋生。
主人公B，生于台湾，15岁随父家徐州，不久，父亲死去，孤独中，他自学了钢琴，音乐创作，MIDI音乐制作，他门徒众多，其中已有偶像明星。可他依然住在廉租房中，依然靠倒卖电子垃圾为生，依然免费教育着热爱音乐的人。
他们命运多舛，平凡，伟大，穿着破旧的衣服，唱着最动听的歌！。人族百年前面临灭族危机，凶兽忽然集体变异，变得异常强大，人类损失严重，城市外变成了凶兽的地盘。灭世之中的蚂蚁，创世之中的神灵，项宁以一人之力，让所有域外种族记住了一句话：我若不死，人族昌盛！。未来世界，人类文明高度发达，智能机器人大量涌现，已在日常生活中占据重要的位置，而且人类为了获得永恒的生命，也尝试将自己改造为机器人。同时，一列名为“银河铁道999号”的宇宙列车担负起连接地球和宇宙文明的使命，星系从此不再遥远。
少年星野铁郎（野沢雅子 配音）的母亲被嗜好杀戮的机械伯爵杀害，他肩负母亲的嘱托，决定前往安达罗星云改造身体，为此不惜在车站抢夺他人的银河铁道999号车票，不过也因此邂逅了容貌与母亲极其相像的梅蒂尔（池田昌子 配音）。凭借梅德尔的帮助，他终于踏上999号列车，继而展开一段充满未知的旅程……
本片为《银河铁道999》第一部剧场版动画。。