22 年前
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看到搭档望月芽心被有着玄内样貌的神秘男人所伤， 缅因猫兽再度开始暴走。 “不能让你诞生在世上…” 从现实世界消失的缅因猫兽，正是歪曲本身。是拥有过于巨大力量的，毁灭世界的钥匙—— 西岛大吾以及出现在望月博士之处的黑客兽，逐渐解明真相。 保证世界调和的恒常性将现在变得过于强大的缅因猫兽视为危险，而要将其切除。 随着暴走的缅因猫兽的出现，现实世界开始进入毁灭前的倒计时。 其所波及的地点接连发生异变。因歪曲而现身的数码宝贝们，等待着那一时刻的来临—— 被选召的孩子们，受到异常的数码世界排斥，返回现实世界， 却因为与搭档数码宝贝在一起而遭到人们的追赶。众人陷入孤立无援却仍然拼命地寻求对策，与此同时芽心独自一人持续烦恼着。 同伴和数码宝贝的声音，都传达不到因背负过大的负担而遭受打击的她心中… 之后，残酷的命运，甚至逼近了灵魂比任何人都率直纤细的八神光身边——。主人公逸徇受父命前往上石郡，意欲收复政权，铲除清理当地掌权机关“玄天司”首领——葛覃。不料方到上石郡逸徇却倍受到冷遇，葛覃尽显地头蛇风范，逸徇第一战出师不利。恰逢此时少女十一月前来行刺葛覃。逸徇顺势借此事件还以玄天司众部颜色，宣告自己的主权。但十一月行刺未果遇险，逸徇好意救下十一月，不料却反被十一月绑至小树林。二人暗中交谈，逸徇从十一月口中了解到古族的往事，意识到可以利用古族之力与玄天司对抗，于是替十一月解毒，打算招募她为自己所用。不料玄天司黍离带领追兵包围小树林，二人陷入险境，葛覃也于此时现身。葛覃强行要带走十一月，不惜与逸徇爆发冲突，两伙人在树林大战。战斗中逸徇无意间触发自己古族的血脉，复刻了十一月的图腾，并且借助其灵力，带领重伤的十一月一起脱逃。
逸徇在十一月的带领下前往古族圣地，从中了解了古族的历史，也确定了自己的古族身份。但二人无意间惊动镇守圣地的神兽应龙，为救十一月逸徇再次复刻图腾，激活自己体内的古族血脉。两人刚刚脱逃，便遇到了外出采药的少女楚茨。逸徇带着二人重返上石郡，在北城门处设计摆了葛覃一道，将十一月神不知鬼不觉带入了城中。逸徇入住郡守府，楚茨身份揭晓，竟然也是古族。但十一月伤势未愈，为了医治十一月，楚茨与逸徇打算一同进山寻药。彼此陌生的逸徇与楚茨二人在采药过程中相互猜忌，不幸遭遇了野熊决明。决明在看见血液后暴走，他的背后似乎有关于玄天司的秘密。
于是逸徇、楚茨合力制服决明，取得草药下山回府。逸徇也终于下定决心与古族联手合力对抗玄天司，却遭到贴身护卫弈的反对，弈甚至暗中派人毁掉草药。所幸楚茨利用灵力救活草药，十一月才得救苏醒。
而葛覃通过跟踪逸徇，得知了决明的下落。原来决明是玄天司研究的变异古族，于是葛覃秘密派出其他变异古族去抓捕决明...。