9 年前
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故事发生在第一部的四年之后，此时特警K已经退休，成为一名普通的邮局局长，而J则继续从事MIB的工作。
卡洛瑟星邪恶女王蛇莲娜来到地球需找宇宙能量“萨塔之星”，占领了MIB的总部。而当年逃亡到地球的萨塔公主萝娜曾请求MIB把“萨塔之星”藏在地球，全面负责这件事情的K为了地球的安全，拒绝了她。
面对来势汹汹的蛇莲娜，MIB派J去寻找k，调查当年事件的真相，怎样说服失去记忆的K相信外星人的存在，成了J面临的第一个难题……。未来世界科技高度发达，星际旅行不再是梦想。在木星和土星之间曾有一个繁荣一时的空间殖民地“涡潮”，从地球专门有一条名为246666号公路的银河街道通往殖民地。不过在通车150年后，银河街道渐渐衰落，面临废除的命运。在这条路上，有一条小小的汉堡店，由极度热爱汉堡的店长诺亚（香取慎吾 饰）和妻子诺厄（绫濑遥 饰）共同经营。最近，诺亚怀疑妻子有外遇，为此忧心忡忡。这一天，诺亚的旧爱（优香 饰）带着怪异的丈夫（梶原善 饰）出现，让诺厄心中升起不安。与此同时，形形色色的人等相继来到店里，有的渴望来一次太空艳遇，有的决定吐露心中的秘密，有的执着追求诺厄，有的则被奇怪的幻觉困扰。
在这条被许多人渐渐遗忘的街道上，可爱的故事交替上演……。
