19 年前
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一位外科医生震惊地发现他的妻子参与了一起自杀式爆炸袭击，他决定冒险进入巴基斯坦直面幕后主使者……。叶晓彤是一名收银员，她的丈夫阿波抛弃了她离家出走，天真单纯的叶晓彤又误入骗局，正当她孤立无援之际，住在同一栋大楼的警察刘正文向她伸出了援手。在刘正文的帮助下，叶晓彤得到了一份汽车推销员的工作，然而叶晓彤对汽车一无所知，于是刘正文从零开始教导她，在此过程中，两人之间碰撞出了爱情的火花。
正当他们的感情逐渐升温之时，阿波回到了叶晓彤的身边，这一次，叶晓彤不再软弱，她果断拒绝了阿波的求和，决定寻找自己新的生活。然而，对于接受一段新的感情，叶晓彤始终犹豫不决，巧合的是，刘正文也是如此。。“闇之书事件”（参照魔法少女奈叶A's）的10年后。踏入19歳的高町奈叶、菲特·T·哈洛温、八神疾风三人，怀抱着彼此的友情牵绊、为了追求各自的梦想实现而加入时空管理局，并以一流魔导师的身分活跃。 在此当中，出现了新发现的太古遗产“圣遗晶石”（レリック），以及以此为目标而出现的谜样机械兵器“共鸣拓发者”（ガジェットドローン）。为了迅速对应日后被称为“圣遗晶石事件”的状况，八神疾风考虑到设置能够迅速对应的独立部队的必要性，设立了专责处理与太古遗产关连任务的特殊部队——“机动六课”。 另一边，时间回溯到四年前。昴·中岛在遭到机场火灾卷入而几乎丧命之际，由于奈叶的出现而得救。因为憧憬著如同“自己理想中的形象”一般的奈叶，昴在当晚的满天星空之下，做出了“成为管理局的魔导师”的决定。 四年后，经过一番波折而顺利成为管理局的新进魔导师的昴，与训练校时代的伙伴蒂雅娜...。
