23 年前
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这次原创故事的时间线定在前作结局后的一年，因此在前作中因病去世的亚希子丈夫、竹野内丰饰演的宫本良一也将再次出现。亚希子再就业的一年后，时间是2019年的秋天，亚希子在大阪，美雪在东京，两人分居两地。亚希子在大型咨询公司中依然精明强干，表现出色，丝毫看不出有10年的空窗期。而成为大学生的美雪仍旧是惹人喜爱、我行我素。她的每天都在社团或是打工中度过，十分充实。另外，美雪和发小大树(井之胁海)的关系依旧是老样子。然而某天，亚希子突然回到东京，久违地来到了美雪住的公寓，宣称自己被公司炒了鱿鱼。没想到的是，亚希子在美雪家中碰见了美雪的老板，Bakery麦田的店长(佐藤健)。他只围着一条浴巾，刚从浴室走出来。更让人吃惊的是，麦田怀里还抱着一个婴儿。就在此时美雪也回来了。莫非这个婴儿是美雪和麦田的孩子! ?完全摸不着头脑的亚希子陷入了混乱，大喊道:“这到底是怎么一...。漆黑的夜晚，一名间谍悄然潜入日本警方某机构，盗走了记载着各国谍报机构重要数据的绝密文件。日本警方和FBI探员赤井秀一立即与间谍展开追逐。最后，逃亡者的车辆坠落悬崖。第二天，柯南和伙伴们来到东都水族馆观光，结果发现一名受伤的美丽女子。该女子处于失忆状态，身上的手机也破损无法使用。柯南等人答应要帮她恢复记忆，当他们七嘴八舌之际，藏在暗处的黑衣组织成员贝尔摩德冷冷地注视着这一切。在相处过程中，女子非凡的身手和奇怪的言行举止让灰原哀对其真实身份产生怀疑。
刚刚还一派祥和的水族馆，沉浸在快乐之中的人们，根本不会想到随着那名神秘女子记忆的恢复，自己马上就要被卷入黑暗组织的杀戮和混乱之中……。
