9 年前
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繁华大都会美国纽约，邪恶领袖施莱德率领的大脚帮在城市内为非作歹，甚嚣尘上。安保公司老板埃里克·萨克斯推出最新安保系统，发誓维护城市的和平。第6频道女记者爱普尔·奥尼尔偶然拍到大脚帮被四名神秘侠客挫败的画面，在第二次遭遇非常事件时，她惊讶地发现四名侠客竟然是变异后的巴西龟：拉斐尔、列奥纳多、米可朗基罗、多纳泰罗。忍者神龟的名字勾起了爱普尔儿时的记忆，当年她的父亲与萨克斯正是研究生物变异实验的伙伴。她将这个消息告诉给萨克斯，可是在和忍者神龟及其老师斯普林特会面后，才发觉萨克斯与施莱德是这座城市内的罪恶之源……。来自月球的“机器鸭”阿泥，一个偶然的机会被大草原飞鸭家族的鸭妈妈收养，阿泥坚信自己和其它小鸭们一样，渴望能够展翅飞翔。
阿泥身上的超能芯片引来了月球人的追踪，原来阿泥是月球邪恶科学家用来破坏地球大气层的超级炸弹。在土狼们的围追堵截下，阿泥和伙伴们一起南下和迁徙的鸭群团聚。阿泥不顾芯片爆炸的危险，凭借爱心亲情、以及勇敢不服输的精神，最终打败了邪恶的博士，帮助鸭群一起胜利抵达南方。
而阿泥也因此实现了自己的梦想：成长为一只真正的小飞鸭。。
