15 年前
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索马里海域外，中国商船遭遇劫持，船员全数沦为阶下囚。蛟龙突击队沉着应对，潜入商船进行突袭，成功解救全部人质。
返航途中，非洲北部伊维亚共和国发生政变，恐怖组织连同叛军攻入首都，当地华侨面临危险，海军战舰接到上级命令改变航向，前往执行撤侨任务。蛟龙突击队八人，整装待发。
时间紧迫，在“撤侨遇袭可反击，相反则必须避免交火，以免引起外交冲突”的大原则下，海军战舰及蛟龙突击队深入伊维亚，在恶劣的环境之下，借助海陆等多种装备，成功转移等候在码头的中国侨民，并在激烈的遭遇战之后，营救了被恐怖分子追击的中国领事馆巴士。
然而事情尚未完结，就在掩护华侨撤离之际，蛟龙突击队收到中国人质被恐怖分子劫持的消息。众人深感责任重大，义无反顾地再度展开营救行动。前方路途险恶，蛟龙突击队即将遭遇的，远不止人质营救那么简单，恐怖分子的惊天阴谋即将浮出水面…..。2015年にシーズン1が放送され、6年目を迎えた本シリーズ。東山演じる天樹悠を中心に、個性あふれる刑事たちが超凶悪犯罪や難解な未解決事件に挑むさまが描かれる。。
