14 年前
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1939年4月，侵华日军在南京设立了一个秘密的细菌生化武器的作战基地——荣字1644部队。它是继臭名昭著的713部队以后建立的规模更大、更为隐蔽的细菌武器基地。荣字1644部队主要是研究、培养、制造致命的细菌：霍乱（即虎烈拉）、伤寒、鼠疫等用于实战。在它存在的六年间，因试验细菌武器而杀害的人数最少为1200人，其中包含着进行惨无人道的“活体解剖”而惨死在手术台上的人。他们中间大多数是中国人，也有少数其他国籍的外国人。
1998年8月，在1644部队的生产工厂遗址挖出了几十具被支解的尸骨，至今仍可检测出含有霍乱弧菌肠毒素基因，他们就是当年被活体解剖的所谓“原木”的遗骨。
从1940年到1942年1644部队就曾数次参与了对我浙江、湖南、江西等省的细菌战攻击，造成了大规模的疫情流行和成千上万的中国民众死亡。
日本军国主义者进行惨无人道的细菌战，罪恶滔天、神人共愤。面对这段惨痛的历史，中国人民和一切正义的人们当然是刻骨铭心、永志不忘的。。刘国忠（任达华饰）是一个身患绝症的警察，他的前途暗淡无光，他接到任务要保护一个证人的女儿。督察马军（甄子丹饰）是身手了得的武术家，一心要接替忠的位置。忠派去黑道大哥宝爷（洪金宝饰）身边的卧底意外死亡，原因不明，忠怀疑是宝爷所为。于是把宝爷押送到警局盘问，苦于没有证据，忠迫不得已开始捏造证据控告宝爷，全警局都深谙此道，只有军蒙在鼓里。 然而，证据神秘消失，宝爷走出警局时，扬言要杀掉忠的所有手下，果然他身边的冷血杀手Jack（吴京饰）干掉了忠一帮下属，马军意外发现，忠的下属和宝爷之间原来还另有恩怨，马军怒火中烧，决定与宝爷和Jack决一死战。。
