7 年前
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位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。
高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于隐藏在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“幻想杀手Imagine Breaker”，而被评价为名落孙山的“无能力”，过着充满不幸的人生。
而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始，上条就被卷入了各种各样的事件中。统率学园都市的“科学”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方，在惊险地解决双方事件的过程中，他的人际关系也逐步扩展。之后，魔法一方的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到上条的存在……。
如同呼应魔法方一般，科学方的学园都市也有所动作。但也有与逐渐开始对立的世界动向抗争的人不断出现。那些通过与上条有所关联，而使命运大为改变的“英雄”们。
他们挺身而出与世界对峙。如同上条当麻做过的那样。
科学与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！。人前手牵手，闭眼下毒手！ 究竟谁才是真朋友、谁又是黑暗中的凶手？ 讲述一群朋友在偏远的周末派对上玩了一个名叫“Bodies Bodie Bodies”模拟谋杀的游戏，结果却发生了真正的谋杀。。下巴伐利亚的警察弗朗茨（塞巴斯蒂安·贝策尔 Sebastian Bezzel 饰）因为工作失误而被下放到慕尼黑，接手管理他的是那里出了名的严厉女上司。在好友的帮助下，弗朗茨总算在新城市落地生根了，但此时的他并不知道，一场狂风巨浪正在黑暗里汹涌的等待着他。 不久之前，弗朗茨父亲的汽车被盗了，当弗朗茨接到通知说车找到时，他万万没有想到，和汽车一起被发现的，还有后备箱里一具被保鲜膜紧紧包裹着的尸体。经过警方的调查，尸体的身份为一名来自塞尔维亚的女学生，更蹊跷的是，她的腹中还怀着孩子。与此同时，弗朗茨自己的个人生活也发生剧变，他和苏西之间的感情正在经历前所未有的考验。。
