15 年前
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经过长时间的飞行，蕾普莉搭乘的飞船并没有飞回地球！飞船返航途中发生意外，低温休眠舱在母船爆炸前脱离主船，掉进了一个黑暗、寒冷的星球。除了残存的主教外，只有蕾普莉一人生还。
这里是地球的一个外星废弃矿井，现在成了一个管制危险犯人的监狱。蕾普莉在医生的救助下恢复了健康。随着蕾普莉的到来，这里的犯人开始一个一个被神秘杀害。当局以为是犯人内部的犯罪，然而蕾普莉隐隐知道没这么简单。
当她找出主教的残体连接上电脑查看飞行记录后，证实了她的想法：异形来了。。位于南洋腹地的一个无名小岛，隐藏着一个科技发达的实验室。实验室中，一个未知的生命正在孕育。此前不久，疯狂的科学家们在某个远古遗迹提取到了最强宝可梦梦幻的基因，随后利用现代科技，提供基因提升改造，人工创造了无可匹敌的宝可梦——超梦。超梦诞生之初，对自己的命运倍感困惑。一个心怀叵测的男人出现，用花言巧语哄骗了超梦，使其和自己联手操控世界。然而无论打败多少对手，超梦仍然充满困惑，不知自己是谁，为何拼命战斗，又为何降生于世。当他的困扰达到顶点之际，超梦再度暴走，回到了当初诞生的小岛，心中充满了无限的憎恨……。
